Yahoo!Japanでの検索結果とGoogleでも検索結果で変動が出ています。 もちろん両検索エンジン共に上位表示されるWEBサイトも存在しますが、 片方では上位なのに、もう片方では…というWEBサイトが多数存在します。 まだ、アルゴリズムが試行錯誤の段階だと思いますので決定的なことは言えませんが、 どうやらMETAタグの「description」や「keywords」を見ているらしいです。
また、YST対策としてインバウンドリンク（外部からもらうリンク）を増やすことも重要です。 もちろんこれはYSTだけでなくGoogleや、その他検索エンジン対策としても極めて重要です。 Googleの場合ですと、1件もリンクをもらっていないサイトはインデックス化すらしてもらえません。
よくYahoo!のキャッシュが古いと言われていますが、実際のところどうなのでしょう。 確かに私の管理しているサイトでもGoogleでは更新したものが反映されているのに、 Yahoo!では数ヶ月前のものがキャッシュされているといった現象がみられます。 しかし、Googleはキャッシュ日を表示していないサイトが多数あるだけであって、 実際にはかなり古いキャッシュもあるのではないかと推察されます。
※追記※